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String网站+cycloscape软件制作PPI

发布时间:2020-06-14 08:00:00

在此之前,编辑利用大卫的网站推动了对差异基因的go和KEGG分析。链接:David&metascape:一个关注基因功能注释和富集途径分析的网站。基因功能注释后,我们可以发现蛋白质表达之间的关系。在盛鑫的分析中,我们经常使用string网站+Cytoscape软件来制作PPI。今天,小编介绍了一个PPI制作教程,让我们一起细细咀嚼吧!

选择蛋白质的输入方法后,输入一个差异基因列表。string网站对基因的限制不超过2000个,格式也是一个基因名(或蛋白质名,简而言之,是由不同基因表达的蛋白质)。简言之,本页的步骤是选择“多蛋白”,然后输入基因名,***选择“智人”。

然后单击“搜索”选项,不要停止,然后继续单击“继续”选项。

这样,我们做了一个PPI地图,但看起来还是很凌乱。因此,我们需要通过软件Cytoscape进一步美化PPI图。

下拉当前页面,可以看到一行菜单。图例菜单是关于网络图中节点和边的注释。让我们看看。

设置菜单功能更重要。例如,我们对边缘的选择,“信心”通过线条的粗细反映了蛋白质-蛋白质相互作用的强度。如果我们制作的网络图比较分散,我们可以通过设置“所需的最小集成分数”来组合它,或者通过增加分数来调整PPI,使图形看起来更接近。

如果我们认为网络图上的蛋白质数量很小,我们可以设置蛋白质数量的上限,例如,我们可以将其设置为“不超过50个参与者”来查看效果。

显然,网络图变得更复杂,线也更多。

在分析菜单中,我们可以查看一些网络信息,包括节点的p值、边、度、PPI富集分数等,还可以查看go和KEGG函数的富集信息等。

“群集”菜单是“群集PPI网络”,然后单击“应用”。

我们可以看到,在聚类之后,蛋白质在不同颜色的聚类中形成一个蛋白质相互作用的网络。

如果要在Cytoscape软件中调整网络图,直接点击“导出”选项下载TSV格式文件。

保存的TSV格式文件是软件的数据输入方法之一,当我们在string网站上完成PPI制作时,就可以打开软件了。

是导入数据:文件导入网络文件,然后选择TSV格式的文件。

数据导入完成后,如下图所示,右边的图是刚刚从string网站的PPI导入到Cytoscape软件中的图,看起来很简单。与原来的图相比,它只是去除了蛋白质,没有相互作用的关系,所以这个图确实简化了,但看起来也不是很好!

让我们开始转换这张图片。单击“工具”“网络分析器”“网络分析”“从统计信息生成类型”。

最终会出现一个弹出窗口。

小编对这个弹出窗口的理解是,节点的大小和渐变颜色是按度调整的,边缘的厚度和渐变颜色是结合评分来调整的。

单击“应用”绘制图形。你可以看到图表已经改变了180度,就像文章中的PPI一样。

另外,如果我们想使PPI以某种蛋白质为中心,那么如何使其成为PPI呢?细胞景观提供了一个***的解决方案。例如,我们选择IL10蛋白作为中心蛋白,然后单击它。

然后单击下图中标记的图标,表示节点与IL10蛋白直接相关。同时,这些蛋白质和IL10一起被选择。

单击“文件”“从选定节点新建网络”“所有边”。

形成以IL10为核心的本地PPI网络。这样的图表能看起来更漂亮吗!

弦网站是胜心分析中蛋白质相互作用分析的重要工具。然而,它提供给我们的图形是非常粗糙的。然而,当它结合了细胞景观软件的美化功能,为PPI,我们的图形将有一个新的呼吸!亲爱的朋友们,关注百威科研奶酪后台回复“细胞景观”,带上你的安装包!